TP53和EGFR突变在匹配的原发肿瘤和转移肿瘤之间高度一致。

　　为了研究肿瘤间的异质性，已识别的基因改变被分类为共享的(存在于原发和转移肿瘤中)或私有的(仅存在于原发和转移的肿瘤中)突变。23我们观察到LIM队列中肿瘤间的同质性明显更高，被鉴定为共享的基因突变的中位数为%(范围为%-%)。这与BRM队列中发现的%(范围为%-%)共享基因突变的中位数形成鲜明对比。

　　LIM-P和LIM-M之间的TMB相似(p>)。

　　然后，我们利用皮尔逊相关分析计算突变相似度，以描述配对的原发肿瘤和转移肿瘤之间突变特征的一致性和差异性。如图1E和1F所示，我们观察到LIM组LIM-P和LIM-M之间的突变一致性较高，而BRM组BRM-P和BRM-M之间的突变一致性有限。统计分析表明，LIM组突变相似性的皮尔逊相关系数显著高于BRM组(p=)。

　　我们用皮尔逊相关分析研究了配对的原发瘤和转移瘤之间CNV分布的不一致性。结果显示，LIM-P和LIM-M之间的CNV模式高度相似，10例中有9例(%)的Pearson相关系数大于。然而，配对的BRM-P和BRM-M之间的CNVS模式高度不一致，11例中只有4例(%)的Pearson相关系数大于。统计分析表明，LIM组的CNV相似性显著高于BRM组(p=)。

　　总共有42条通路在这些样本中显著富集，与LIM-P相比，LIM-M具有独特的显著丰富的转移相关通路，如Notch信号和ECM-受体相互作用。Notch信号也在BRM-M中丰富，但在BRM-P中不丰富。并且，BRM-M，还有许多

　　独特的途径，如药物代谢、几种免疫相关途径、细胞凋亡和错配修复。为了了解BRM-P和BRM-M中的通路水平相似性是否也比LIM-P和LIM-M中的降低，我们进行了通路特征分析，并计算了样本组之间的通路水平相似性(参见材料和方法)。事实上，与它们相匹配的原发肿瘤相比，BRM-M有明显不同的途径富集，而LIM-M有更多相似的通路。(p=)。

　　2.配对原发和转移性肿瘤的系统发育关系

　　为了研究LIM和BRM的进化过程(例如，线性与平行发展模型4)，我们研究了原发肿瘤和它们匹配的转移瘤之间的系统发育关系。我们推断了基因组改变的序列，然后使用两种独立的算法重建了每种情况下的系统发育树。我们在图3A中列出了每组的三个有代表性的案例。

　　3.配对BRM的转移内和转移间同质性

　　由于BRM在配对

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